保育教育館設置的目的在於展示本省野生動植物及特殊生態系等珍貴自然資源，供民眾參觀，還提供生態影片欣賞、電腦多媒體、保育圖書、資料等服務，成為全民保育教育重要場所，寓教於樂，以推動本土自然保育教育。此外，亦辦理各級學校師生、各級保育工作人員、警政人員及自然保育資源管理利用相關服務人員、社團等自然保育研習營或訓練班，培養自然保育種子師資，以落實推動學校自然保育，並提昇各級政府人員生態保育觀念及執法能力。